５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした公安９課の荒巻からの誘いを断り、自身の部隊の結成を考えていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。
荒巻の要請で調査のためにロジコマをラボまで移送する草薙だったが、突然、武装集団に襲撃に遭う。そこには「眠らない眼」を持つ元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワの姿があった。
彼らは難民虐殺の罪で犯罪者として法廷に立たされている混成７８部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐の無実を証明するために特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていた。だがそれに干渉できる並列解除コードの複製がロジコマに隠されたことを掴みロジコマの破壊を狙う。
それを草薙に伝えたのは米軍情報部エージェントのヴィヴィーだった。草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。
原作：士郎正宗
総監督・キャラクターデザイン：黄瀬和哉
シリーズ構成・脚本：冲方丁
音楽：コーネリアス
監督：竹内敦志
絵コンテ：多田俊介・竹内敦志
作画監督・サブキャラクターデザイン：齊藤卓也
メカニックデザイン：柳瀬敬之
3DCGI：オレンジ
3DCG監督：井野元英二
美術：Bamboo
美術監督：竹田悠介・益城貴昌
美術設定：加藤浩（ととにゃん）
プロップ・美術設定：荒川直樹
動画検査：吉田一枝・杉浦雄高
色彩設計：片山由美子
色指定：野田採芳子
仕上検査：下川真里子
撮影監督：田中宏侍
モーショングラフィック：上村秀勝
特殊効果：村上正博
音響監督：岩浪美和
音響効果：小山恭正
